Theo thống kê của Tổ chức Lương thực Thế giới (FAO) năm 1995, khoảng 70% nguồn lợi thủy sản trên thế giới đang bị khai thác quá mức. Sự giảm sút về nguồn lợi của các loài thủy sản kéo theo sự suy giảm tính đa dạng về cơ sở di truyền và vì thế cho đến khi xác định được các tác nhân gây nên sự giảm sút thì một phần vật liệu di truyền đã bị mất đi. Trong khi đó các chương trình giống như gia hóa và nâng cao chất lượng con giống đều phải dựa trên biến dị di truyền của quần thể trong tự nhiên. Các chương trình này được thực hiện theo hướng tập hợp nguồn gen quý; lưu giữ vật liệu trong điều kiện nhân tạo kết hợp sản xuất giống, khai thác tính trạng kinh tế phục vụ nuôi thủy sản. Quan trọng hơn, những hiểu biết về cơ sở di truyền sẽ giúp hạn chế hiện tượng bất thụ ở con lai; hạn chế thoái hóa giống do giao phối cận huyết; tận dụng ưu thế lai và chủ động tạo giống chất lượng tốt phục vụ sản xuất, đây là tiềm năng to lớn chưa được khai thác. Tuy nhiên, một thực trạng là nghề nuôi nhiều đối tượng thủy sản kinh tế như cá biển có nguồn con giống chủ yếu là từ khai thác tự nhiên hoặc nhập từ nước ngoài. Vấn đề là chúng ta chưa có được đán cá bố mẹ có chất lượng tốt để phục vụ tạo giống do trong tự nhiên nguồn cá bố mẹ đủ chất lượng cho tạo giống rất khan hiếm.
Bảo tồn lưu giữ nguồn gen là duy trì biến dị di truyền qua các thế hệ. Biến dị di truyền liên quan đến tập tính của loài và điều kiện môi trường sống, là nguyên liệu cho các chương trình nâng cao chất lượng con giống trong các cơ sở sản xuất giống, chương trình thả giống ra biển khôi phục nguồn lợi. Bảo tồn nguồn gen được thực hiện theo hai hình thức là bảo vệ nguồn gen trong môi trường sinh thái thiên nhiên (Insitute) và trong môi trường nhân tạo (Exsitute). Dạng Insitute thường được áp dụng đối với các loài có tập tính di cư như cá hồi, rùa biển, tôm hùm. Mục tiêu là duy trì đa dạng sinh học thông qua việc duy trì hệ sinh thái tự nhiên tạo điều kiện cho quần thể tự tái sinh. Hình thức bảo tồn này gắn liền với nghiên cứu biến dị di truyền, kiểm soát di giống và kết hợp với việc chủ động tạo giống làm tăng đa dạng sinh học. Dạng Exsitute thường được áp dụng cho công tác thuần hóa giống cho mục tiêu gia hóa giống gắn liền với nuôi trồng thủy sản. Các dạng mẫu vật được lưu giữ trong các hệ sinh thái nhân tạo ao, hồ, lồng biển, bể xi măng hoặc được bảo quản trong điều kiện phòng thí nghiệm (in vitro) dưới dạng các sản phẩm sinh dục như phôi, tinh. Hình thức bảo tồn Exsitute được hình thành và phát triển gắn liền với hoạt động tạo giống và nuôi thủy sản, đem lại những thành công đáng kể.
Nhận thấy tầm quan trọng của vấn đề bảo tồn, lưu giữ nguồn gen các giống loài thủy sản nước lợ, mặn, năm 2004, Bộ Thủy sản (nay thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn) phối hợp với Vụ Khoa học Công nghệ và Môi trường đã giao cho Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III xây dựng và thực hiện nhiệm vụ nhà nước “Bảo tồn, lưu giữ nguồn gen và giống các loài thủy sản nước lợ, mặn”. Nhiệm vụ được bắt đầu triển khai từ năm 2005 với sự phối hợp thực hiện của Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I và Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II. Mục tiêu của nhiệm vụ là bảo tồn đa dạng sinh học, lưu giữ, tái tạo, phát triển nguồn gen và giống các loài thủy sản nước lợ, mặn quý hiếm, có giá trị kinh tế và khoa học góp phần tạo nguồn nguyên liệu (đàn cá bố mẹ có chất lượng tốt) cho chương trình sản xuất giống nhằm phát triển bền vững nghề nuôi thủy sản.
Hiện nay, do áp lực khai thác và nuôi trồng thủy sản, các đối tượng có giá trị kinh tế ở Việt Nam đủ chất lượng cho tạo giống rất khan hiếm. Mặt khác nếu khai thác nguồn gen trong phạm vi hẹp, đa dạng di truyền thấp sẽ giảm cơ hội tạo ra giống chất lượng tốt và tăng khả năng thoái hóa giống. Vì vậy để phát triển được chương trình cải tạo giống trong thủy sản thì trước mắt là phải tập hợp, thuần hóa được nguồn gen đảm bảo đa dạng về cơ sở di truyền.
Nhiệm vụ đã kết hợp với ngư dân, người khai thác và thu mua kinh doanh các mặt hàng thủy sản tươi sống trên các vùng biển trong cả nước để xác định nguồn gốc và thu thập mẫu vật của các loài cần được lưu giữ. Bên cạnh việc thu thập mẫu vật, các nhà nghiên cứu còn tiến hành thu thập những kiến thức truyền thống địa phương có liên quan đến nguồn gen thu thập như đặc điểm phân loại về hình thái ngoài, phân bố, mùa vụ sinh sản, tỷ lệ bắt gặp ... Những thông tin này giúp hoạch định kế hoạch sử dụng bền vững nguồn gen, bảo vệ các tri thức bản địa và chia sẻ hợp lý lợi ích có được từ các nguồn gen được thu thập và bảo tồn. Mẫu vật sau khi thu thập được nuôi thuần hóa trong ao, bể hay lồng bè trên biển tại các trung tâm giống của các viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản. Mỗi nguồn gen được chăm sóc và theo dõi theo chế độ riêng nhằm tìm ra phương pháp lưu giữ tốt nhất cho sự sinh trưởng và phát triển của chúng và đảm bảo được mục đích khoa học.
Qua 3 năm thực hiện nhiệm vụ, đến nay đã tiến hành thu thập và lưu giữ thành công 8 nguồn gen cá bản địa quý hiếm, có giá trị kinh tế cao; đánh giá chi tiết nguồn gen của 3 trong số 8 loài thu thập được từ năm 2005-2007 bao gồm: nghiên cứu 36 chỉ tiêu hình thái phân loại cá theo Đào Mạnh Sơn đối với cá Mú Cọp (Epinephelus fuscoguttatus Forsskal,1775), cá Song Chanh (Epinephelus malabaricus Bloch & Schneider, 1801), và cá Chìa Vôi (Proteracanthus sarissophorus Cantor, 1849); đánh giá mức độ đa dạng di truyền quần thể cá Mú Cọp bằng kỹ thuật PCR-RAPDs. Xây dựng cơ sở dữ liệu tương đối hoàn chỉnh bao gồm các thông tin về hình thái, phân bố, môi trường sống, nhu cầu về dinh dưỡng và tập tính sinh sản của tôm Mũ ni trắng (Thenus orientalis Lund 1793), cá Song vua, Song chanh, Song dẹt, Song da báo, cá Mú cọp, cá Chìa vôi và cá Mó. Những thông tin này sẽ được sử dụng trong các nghiên cứu về phân loại học, ngư loại học, di truyền quần thể, di truyền chọn giống, sinh thái môi trường, kỹ thuật sinh sản nhân tạo nhằm bổ sung nguồn giống góp phần tái tạo quần đàn, phát triển nghề nuôi trồng và bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
Hàng năm, các nguồn gen quý hiếm được tiến hành nghiên cứu bổ sung vào nguồn gen bảo tồn làm đa dạng thêm giống loài, là nền tảng cho việc sinh sản nhân tạo và phát triển đối tượng nuôi; phát triển và đưa vào khai thác các nguồn gen cũ, tạo dòng thuần cho chất lượng con giống tốt hơn. Những nguồn gen thu thập được thuần hóa và lưu giữ trong ao, bể và lồng bè trên biển tại Trung tâm giống hải sản Miền Bắc tại Cát Bà - Hải Phòng thuộc Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I; Trung tâm giống hải sản Miền Nam tại Vũng Tàu thuộc Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II; Trung tâm Quốc gia giống Hải sản Miền Trung tại Nha Trang, Khánh Hòa thuộc Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III. Song song với việc bảo tồn, lưu giữ nguồn gen, nhiệm vụ Quỹ gen lợ, mặn đang và sẽ tiến hành khai thác, trao đổi nguồn gen của một số loài giữa các vùng miền trong cả nước cũng như với nước ngoài nhằm làm đa dạng, phong phú nguồn gen trong tập đoàn cá nuôi. Bên cạnh việc triển khai thu thập, lưu giữ, đánh giá nguồn gen, nhiệm vụ còn chú trọng đến việc đầu tư kinh phí đào tạo và phát triển nguồn nhân lực, nâng cao trình độ nghiên cứu, kỹ thuật lưu giữ và bảo tồn nguồn gen thủy sản, sinh sản nhân tạo, di truyền quần thể, di truyền chọn giống và những vấn đề có liên quan nhằm phục vụ công tác bảo tồn nguồn gen.
Trong thời gian qua công tác bảo tồn, lưu giữ nguồn gen mới chỉ tập trung vào hình thức Exsitute. Hiện nay, công nghệ bảo quản tinh đông lạnh đang trong giai đoạn đào tạo cán bộ và sẽ được tiến hành thử nghiệm trong thời gian tới. Thành công của công nghệ này sẽ mở ra một hướng mới cho công tác lưu giữ, bảo tồn nguồn gen và giống thủy sản. Đây là phương pháp góp phần xây dựng ngân hàng gen thủy sản trong thời gian tới. Một hình thức bảo tồn rất quan trọng mà hiện nay chưa thực hiện được là bảo tồn Insitute (khu bảo tồn tự nhiên như công viên biển, khu bảo tồn biển, vườn biển ...), một trong những ví dụ điển hình của phương pháp bảo tồn này là khu bảo tồn biển Hòn Mun tại vịnh Nha Trang. Đây là hình thức bảo tồn rất hiệu quả và mang tính khoa học cao, bên cạnh đó nó còn có giá trị kinh tế lớn khi kết hợp với ngành du lịch sinh thái.
Hiện nay việc lưu giữ mới chỉ giới hạn ở mức độ bảo quản nguồn gen thuần, giống gốc để tránh lai tạp, mục tiêu lâu dài của nhiệm vụ Quỹ gen lợ, mặn là điều tra và đánh giá vùng phân bố quần thể, trữ lượng của loài cũng như đặc tính sinh học để xây dựng các mô hình bảo tồn hiệu quả; đào tạo các cán bộ khoa học kỹ thuật có khả năng ứng dụng những thành tựu của công nghệ sinh học nhằm nâng cao các tính trạng quý, tạo ra những dòng có tính trạng di truyền mang tính bản địa địa phương góp phần phục hồi và bảo vệ những nguồn gen quý hiếm.
Phần lớn các loài nằm trong danh sách lưu giữ đến nay chúng ta chưa tiến hành chủ động sản xuất giống nhân tạo, vì vậy hiện nay nhiệm vụ đã và đang tiến hành nghiên cứu các đặc điểm sinh học sinh sản của từng loài, lưu giữ nguồn gen và tạo nguồn cá bố mẹ cho nghiên cứu sinh sản nhân tạo phục vụ cho mục đích khai thác nguồn gen. Cho đến nay các kết quả nghiên cứu mang tính chiến lược này đã đem lại những thành công đáng kể. Năm 2008, 2 đối tượng quý hiếm và có giá trị kinh tế nằm trong danh sách bảo tồn của nhiệm vụ Quỹ gen lợ, mặn được nhà nước cấp kinh phí thực hiện chương trình sản xuất giống là cá Song da báo và cá Chìa vôi.
Với các mục tiêu và kết quả lưu giữ lâu dài các giống, loài thủy sản lợ, mặn quý hiếm có giá trị kinh tế và khoa học với phẩm chất giống tốt, nhiệm vụ “Bảo tồn, lưu giữ nguồn gen và giống các loài thủy sản nước lợ, mặn” đang và sẽ góp phần duy trì, phát triển nghề nuôi trồng thủy sản một cách bền vững